Az ételallergia és az ételintolerancia közötti különbség sokak számára nem nyilvánvaló, hiszen tüneteik sokszor hasonlóak. A tej- és tejtermék okozta ételallergia esetén a szervezet védekező rendszere tévesen úgy reagál bizonyos táplálékfélékre, mintha azok károsak lennének, ezért az immunrendszer sejtjei ellenanyagot termelnek, hogy az idegen anyaggal szemben védekezzenek. A legtöbb esetben az allergiás reakció azonnali tüneteket produkál, így beazonosítása is viszonylag egyszerű.
Ezzel szemben az ételintolerancia – ilyen a tejfehérje érzékenység is – sokkal alattomosabb betegség. Tünetei órák múlva, akár 2-3 nappal később is megjelenhetnek, ezért nagyon nehézzé válhat az utólagos ok-okozati függés felfedése. A tünetek súlyossága függ az elfogyasztott étel vagy alapanyag mennyiségétől is.
A két betegség közötti lényeges különbség tulajdonképpen az, hogy míg az ételallergiát az immunrendszer reakciója váltja ki, addig az ételintoleranciát az emésztőrendszer működési zavara, a bélhámsejtek felszívódási eltérései, a megváltozott bélflóra összetétele és a bélfal áteresztőképességének megváltozása okozhatja.